射精疼痛的病因较多，应根据不同病因对症治疗。如为心理因素引起的射精疼痛，就要向患者讲解心理因素诱发射精疼痛的原因，使患者有正确认识，克服不良情绪，树立信心，彻底消除患者因射精疼痛产生的焦虑、紧张与恐惧等精神因素。若因性交过频等引起生殖器过度工作，则要相应注意房事，量“力”而行，生活有规律。若为生殖系统炎症，就要采用抗炎治疗。包皮过长、包茎、结石、肿瘤应尽快手术治疗。若为性传播疾病，根据不同病原体类型，采用相应的治疗方法。
首先要营造浪漫而舒适的环境，避免外界因素的打扰，让患者处于完全放松的心理状态，这有利于缓解心理因素过于紧张导致的不射精。
其次是性活动的时间安排在晨起或充分睡眠体力恢复之后，以便使男性的精力和体力都处于最佳的状态。
再次短时间内要减少性活动的次数和频率，在一定的时间内要节制性活动，这可使射精中枢得到必要的休息和调整，增加精液的储备，有利于完成射精行为。
然后是加强性活动的“前戏”过程，特别是妻子的妩媚身姿会增强丈夫的性刺激，同时还要对丈夫的性器官进行刺激，这样可提高丈夫的性兴奋，有利于促进射精行为。
最后是在性活动的过程中，要加强动作和抽动的频率，这样可提高性快感，为射精提供最后的冲刺。
此外，需要注意的是，男性出现不射精等射精障碍后，本身会也会有一定的心理障碍，所以妻子的鼓励十分重要，妻子切勿用各种言语给予丈夫负面的刺激，以免导致病情加重。
中医认为，射精疼痛与湿热、气滞血瘀、阴虚等有关，其治疗应清热利湿、行气活血止痛、滋补肝肾。针灸可选三阴交、足三里、气海、太冲、关元等经穴。中医将射精疼痛分为以下四种类型辨证治疗：
(1)肝郁气滞 因情志不遂，心情欠佳所致，伴有胁肋胀痛，易怒急躁，舌淡苔白，脉弦。 方药：龙胆草6g，泽泻2g，柴胡15g，知母6g，白芍15g，川断15g，枳实10g，木香12g，甘草6g。每日1 剂，水煎服。
(2)风寒侵袭 素伴虚弱，外感风寒，此时入房，易引发本证。
方药：柴胡15g，桂枝10g，黄芩9g，人参6g，半夏6g，大枣数枚，炙甘草10g。每日1 剂，水煎服。
(3)纵欲房劳 性交过频，或频繁手淫，可因筋脉损伤而疼痛。
方药：柴胡12g，白芍15g，枳壳12g，陈皮10g，川芎9g，木香12g，香附子15g，熟地20g。 每日1 剂，水煎服。
(4)阴器湿热 中医将阴茎、前列腺、精囊等统称为阴器，如果湿热内生，也会引起射精疼痛。
方药：龙胆草6g，柴胡6g，黄柏9g，黄芩9g，车前子12g，泽泻9g，银花15g，木通30g，生甘草30g。每日1 剂，水煎服。
以上中药应在有经验的中医师指导下加减使用
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